Las comunidades microbianas asociadas con los animales de aguas profundas son críticas para el establecimiento de nuevas comunidades biológicas en ambientes inusuales. Durante las últimas décadas, la rápida exploración de las profundidades marinas ha permitido el descubrimiento de nuevas comunidades microbianas, algunas de las cuales forman relaciones simbióticas con huéspedes animales. La simbiosis en las profundidades del mar cambia la fisiología, el comportamiento, la ecología y la evolución del huésped a lo largo del tiempo y el espacio. La diversidad de simbiontes dentro de un huésped a menudo se alinea con diversas vías metabólicas que amplían el nicho ambiental para el huésped animal. En esta revisión, nos enfocamos en los microbiomas y simbiontes obligados que se encuentran en diferentes hábitats de aguas profundas y cómo facilitan la supervivencia de los organismos que viven en estos entornos. Además, discutimos los factores que gobiernan la diversidad del microbioma, la especificidad del huésped y la biogeografía en las profundidades marinas. Finalmente, destacamos las limitaciones actuales de la investigación de microbiomas y trazamos una hoja de ruta para direcciones futuras para avanzar en nuestro conocimiento de los microbiomas en las profundidades marinas.