Los animales albergan diversas comunidades de microbios dentro de sus tractos gastrointestinales. La relación filogenética, la dieta, la morfología intestinal, la fisiología del huésped y la ecología influyen en la composición del microbioma dentro y entre los clados animales. La evidencia emergente apunta a que la genética del huésped también desempeña un papel en la determinación de la composición microbiana intestinal dentro de las especies. Aquí, discutimos los avances recientes en el estudio de la heredabilidad del microbioma en una variedad de especies animales.. Genes candidatos y estudios basados ​​en descubrimientos en humanos, ratones, drosófila, Caenorhabditis elegans, bovinos, porcinos, aves de corral y babuinos revelan tendencias en los tipos de microbios que son hereditarios y los genes del huésped y las vías involucradas en la formación del microbioma. Los microbios intestinales hereditarios dentro de una especie huésped tienden a estar restringidos filogenéticamente. La variación genética del huésped en los genes relacionados con la inmunidad y el crecimiento impulsa la abundancia de estas bacterias hereditarias en el intestino. Con solo una pequeña porción de la rama metazoaria del árbol de la vida explorada hasta la fecha, esta es un área llena de oportunidades para arrojar luz sobre los mecanismos que gobiernan las relaciones huésped-microbio.