En ocasiones, los microbiomas animales se consideran una extensión de la anatomía, la fisiología e incluso la arquitectura genómica del huésped. Sus composiciones abarcan porciones variables y constantes cuando se examinan en múltiples hosts. Este último, denominado microbioma central, se considera más adaptado a su entorno de acogida y se sugiere que beneficia la aptitud del acogida. Sin embargo, existen discrepancias en sus definiciones, características e importancia para sus huéspedes entre los estudios. Examinamos los estudios que caracterizan el microbioma central, detallamos sus definiciones actuales y los métodos disponibles para identificarlo, y enfatizamos la necesidad crucial de actualizar y estandarizar las metodologías entre los estudios. Destacamos a los rumiantes como un estudio de caso y discutimos el vínculo entre el microbioma central y la fisiología y genética del huésped, así como los factores potenciales que le dan forma. Concluimos con las principales directivas de acción para comprender mejor el eje del microbioma huésped-núcleo y adquirir los conocimientos necesarios sobre su modulación controlada.